Dupa revenirea in tara, Funeriu nu si-a echivalat diplomele obtinute in strainatate, iar mass-media de opozitie a sugerat ca studiile din strainatate nu au valabilitate in Romania.
In 2007 a candidat fara succes din partea Partidului Democrat Liberal la alegerile europarlamentare. Cu toate acestea, pe 23 decembrie 2009, cu ocazia formarii guvernului Boc, a fost numit ministru al Educatiei, cercetarii, tineretului si sportului. Avand o dubla cetatenie, romana si franceza, Funeriu a fost indelung contestat din cauza Legii educatiei. A fost asistent la Universite Louis Pasteur, Strasbourg, Franta (1995-1998), conferentiar la College de France, Paris (1998-1999), cercetator stiintific la Scripps Research Institute, La Jolla, California (1999-2002), cercetator stiintific la National Institute of Advanced Industrial Since and Tehnology (AIST), Osaka, Japonia, (2002-2006), potrivit biografiei citata din Romania libera.
Funeriu a detinut si functia de membru al Parlamentului European (Comisia de cultura, educatie si media), coordonator al Comisiei de educatie si cercetare din PD-L, fiind si membru in grupul de experti pentru elaborarea "Strategiei cercetarii din Romania intre 2007 si 2013".
Mai ocupa si functia de team leader la Marie Curie Excellence, Technical University Munchen (universitate clasata pe prima pozitie in Germania) si Principal Investigator in cadrul IGGSE (International Graduate School of Science and Engineering, Technical University Munchen). Este, de asemenea, si vicepresedinte in Comisia Prezidentiala pentru Analiza si Elaborarea Politicilor din Domeniile Educatiei si Cercetarii din Romania.
El a publicat numeroase studii stiintifice in cele mai prestigioase reviste mondiale, precum Nature Biotechnology, Proceedings of the National Academy of Science USA, Angewandte Chemie, Chemistry A European Journal. Printre domeniile sale de expertiza stiintifica se numara chimia organica de sinteza, chimie supramoleculara, ingineria structurilor peptidice.
In plus, a tinut o serie de cursuri-conferinte la Universitatea din Bucuresti: Gandirea chimica in epoca post-genomica, concepte, tehnici si perspective. A fost implicat in mai multe colaborari stiintifice care au avut ca scop promovarea cercetarii si a cercetatorilor din Romania.
Distinctii academice:
Obtinerea unui grant de cercetare de la UE de doua milioane de euro (Marie Curie Excellence Grant), cel mai competitiv proiect UE, cea mai mare finantare acordata pentru un proiect individual.
Premiul RJSST (Romanian Japanese Societz for Science and Technology) pentru cea mai buna publicatie stiintifica in 2005.
Bursa a ministerului francez al cercetarii: 1995-1998, decernata primilor 3 candidati dintr-o universitate la toate disciplinele.
Olimpiada de chimie a Frantei, 1989: Premiul II.
Balcaniada de Chimie 1988: Medalie de Argint.
Olimpiada Internationala de Chimie: Selectionat in echipa Romaniei in 1988.